Binokulare Mikroskope gewähren dem Beobachter eine entspannte Beobachtung mit beiden Augen. Besonders wenn man die Beobachtung mit einem Auge nicht gewöhnt ist, bedeutet ein Binokular größten Komfort. Binokulare Mikroskope werden mittlerweile in allen Qualitätsstufen als Auflichtmikroskope oder auch als biologische Mikroskope angeboten.